Câu chuyện lần này không còn xảy ra ở vương quốc Norad nữa, mà ở một ngôi làng xa xôi phía đông - ngôi làng Sharance. Nơi đây con người và bộ tộc quái vật Unvir chung sống với nhau hòa thuận từ xa xưa, tuy nhiên có một sự kiện bí ẩn đã phá vỡ sự hòa hợp đó. Con người đông hơn đã chiếm ưu thế và trục xuất bộ tộc Unvir khỏi lãnh thổ của mình. Cũng kể từ đó, giữa con người và tộc quái vật xuất hiện mối hận thù khó giải, nguồn gốc của sự khinh miệt và kì thị. Một chàng trai từ vùng đất xa đã đến đây, cũng như các phiên bản trước, anh ta bị mất hết kí ức về quá khứ. Anh ta mang một bí mật - đó là nguồn gốc nửa người nửa quái vật của mình, vì thế anh ta vượt trội hơn con người về linh lực, sức mạnh và vượt trội hơn quái vật về óc tư duy và trí thông minh. Chàng trai mang một sứ mạng rất quan trọng, đó là phải thiết lập lại sự hòa hợp vốn có giữa người và quái vật, trước khi một sự hủy diệt thầm lặng xóa sổ cả 2 loài cũng như tất cả sinh vật khác vĩnh viễn.
Phiên bản này người chơi sẽ nhập vai vào nhân vật Micah, chàng trai nửa người nửa quái vật, với những công việc trang trại được Natsume tái cái tiến một cách hiệu quả. Không những thế, khả năng biến hình của nhân vật khiến cho những chuyến du hành trở nên lí thú và hơn nữa, bạn có thể nhận được sự trợ giúp của dân làng trong những chuyến phiêu lưu, một khi mối quan hệ giữa bạn và người ấy đạt đến một mức nhất định.
Khác với Harvest Moon, nhân vật có thể di chuyển tự do giữa các ô mà bạn gieo hạt mà không bị vướng, điều này giúp bạn có thể vươn đến các cây trồng bên ô trong để tưới nưới, vì vậy người chơi có thể an tâm mà trồng cây cạnh nhau để tiết kiệm diện tích. Hơn nữa túi đồ của game này rất rộng, việc thu hoạch sẽ không phải tốn hẳn một ngày như trong Harvest Moon. Ở Rune Factory xuất hiện những loại hạt giống gọi là "Phantom Crop". Những thứ này bán được vô cùng nhiều tiền nhưng chúng cũng cần rất nhiều thời gian để lớn - thường là 60-100 ngày, trong khi một mùa của game chỉ có 30 ngày. Lúc này bạn sẽ phải cần đến những Dungeon, đó là nơi cư ngụ của quái vật và chúng có khí hậu không đổi - rất thích hợp để trồng Phantom Crop.
Trailer Game: