Svart Alfheim và Accelerated World đang bắt đầu hòa trộng vào nhau. Trong sự hỗn loạn đó, Yui bỗng nhiên mất tích, và Kirito phải thách thức Seven Kings ở Accelerated World để tìm ra vị trí của Yui. Người chơi từ cả hai nhóm sẽ hợp lại với nhau trong một cuộc chiến giữa các thế giới, trong đó những Burst Linker và ALO Player mạnh nhất đang có nhiệm vụ cứu Yui từ bàn tay của Personna Babel.
Game có số lượng nhân vật lớn, lên đến 30 nhân vật, một vài nhân vật trong số đó sẽ góp mặt trong các bản DLC. Cốt truyện của game kéo dài khoảng 30 tiếng, một con số khá cao đối với tựa game lấy chủ đề anime như vậy. Còn về khía cạnh gameplay, game sẽ sử dụng lại hệ thống gameplay nhập vai hành động cơ bản của Sword Art Online: Lost Song nhưng tất nhiên sẽ có nhiều cải tiếng hơn. Ngoài ra mô hình nhân vật cũng được trau chuốt kỹ lưỡng hơn.