Mafia III lấy bối cảnh New Orleans năm 1968, một trong những năm "ồn ào" nhất của lịch sử Hoa Kỳ. Game sẽ tái hiện lại một New Orleans với nhiều hoạt động quen thuộc, những chiếc xe đúng kiểu, thời trang và âm nhạc đậm chất lịch sử. Trong thời gian đó, bóng đen tệ nạn có ở khắp nơi và thành phố trở thành thiên đường cho các tổ chức tội phạm. Những ông trùm người Ý kiểm soát bài bạc trái phép, chất gây nghiện, mại dâm và cả giật dây cảnh sát, chính trị gia.
Nhân vật chính trong game là Lincoln Clay. Anh mồ côi từ nhỏ và đã xây dựng được một gia đình nhỏ với những người xa lạ (cha và em trai). Nhưng khi gia đình của anh bị bọn người Ý phản bội và kết liễu, anh mong muốn trả thù và đã dấn thân vào cuộc chiến với các băng đảng người Ý, gây ra sự hỗn loạn trong trật tự của thành phố ngầm. Khi câu chuyện diễn biến tiếp, bạn sẽ thấy Lincoln hợp tác với các tội phạm khác và xây dựng được một đế quốc mới chuyển đổi cả thành phố.