“Danganronpa 2” sẽ rởi bỏ học viện “Hope’s Peak” (Hy Vọng), và chuyển sang 1 hòn đảo mang tên Jabberwock.
Nhân vật chính và các bạn cùng lớp của cậu – các học sinh thiên tài với tài năng hơn người ở các lĩnh vực khác nhau – đang tận hưởng một kỳ nghỉ vui vẻ bên bãi biển, thì bất thình lình Monokuma, nhân vật phản diện chính của phần 1, đã xuất hiện và bắt mọi người ở đây tham gia vào một trò chơi chết người: Chỉ có 1 người được quyền sống sót rời khỏi đảo, và muốn như vậy, thì người đó phải giết chết 1 người khác làm sao cho những người còn lại không biết mình là thủ phạm. Nếu thành công thì hung thủ sẽ được tự do rời khỏi đảo, trong khi những người còn lại bị xử tử, còn nếu như không thành công thì hung thủ sẽ bị xử tử và trò chơi tiếp tục cho tới khi chỉ còn 1 người.