Diễn ra ở khoảng thời gian giữa Danganronpa 1 và 2, câu chuyện trong Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls đưa chúng ta theo chân Komaru Naegi, em gái của nhân vật chính trong phần 1. Một năm rưỡi sau "sự kiện bi thảm nhất trong lịch sử nhân loại" xảy ra, để tự giải thoát mình, Komaru được trao cho một súng loa (megaphone gun) để chiến đấu.
Khẩu megaphone của Komaru bắn ra "Truth Bullet", là những phần code lập trình có nhiều tác động khác nhau tùy vào mục tiêu. Bạn có thể nâng cấp khẩu súng này ở nhiều điểm như hỏa lực, số lượng đạn, tốc độ bắn, hay thêm vào khả năng làm tê liệt đối phương, điều khiển Monokuma trong một khoảng thời gian... Các nâng cấp này đòi hỏi cần có "Monokuma Medal", thu được bằng cách hạ các Monokuma. Khẩu súng megaphone không chỉ là vũ khí của bạn mà còn là phương thức chính giao tiếp với thế giới bên ngoài. Nó có thể được dùng để kích hoạt vật dụng khác như hệ thống camera, xe hơi, giải các câu đố trong game.
Toko Fukawa, người chặt chém Monokuma trong nhân cách khác của mình là "Genocide Jill", cũng sẽ xuất hiện lại trong phần game này với tư cách là nhân vật chính thứ hai, có thể điều khiển được. Danganronpa: Another Episode có tất cả những kiểu nhân vật bí ẩn (và rùng rợn) như Warriors of Hope và the Mokonuma kid, hai nhóm trẻ nhỏ đi giết người lớn dưới tên Monokuma. Cốt truyện được củng cố bởi những hoạt cảnh có hình ảnh đẹp mắt, do chính Seiji Kishi ( đạo diễn của Danganronpa: The Animation) và studio Lerche thực hiện.